hola.yo para los cajones utilizo cola de carpintero .si haces buenos cortes deberia vastar.pero si quieres darle silicona por la parte de dentro pues existe un producto que es la silicona de poliuretano,es muy dura cuando se seca y se usa para exteriores.
encuanto a la posicion.yo aria un cajon trapecioidal.con angulo para librar la inclinacion de los asientos y los mismos grados para la otra parte ,asi formariamos un trapecio.la inclinacion para el subwoofer seria la adecuada.
si puedes haz un cajon en sellado,para calidad es maravilloso.pero mira las especificaciones del fabricante.
si por otro lado te quieres ahorrar el hacer el cajon por pocos euros tienes cajones echos de la marca radiovox.son muy buenos.buenos acabados.y tienes de diferentes cubicajes tanto en sellado como en bass reflex.
http://www.radiovox.es/cataleg.aspx?arg1=18&arg2=66